W 2015 roku papież Franciszek zatrudnił Milone, który miał przeanalizować budżet i zreformować watykańskie finanse. Nagle, w czerwcu tego roku zakończył swoją pracę. Twierdzi, że został do tego zmuszony, bo nieprawidłowości, które odkrył, zagrażały watykańskiej nomenklaturze.
Inne powody jego dymisji przedstawiła Stolica Apostolska. W komunikacie opublikowanym w niedzielę poinformowano, że Milone, wykraczając poza zakres swych kompetencji, nielegalnie zatrudnił firmę zewnętrzną, by prowadzić dochodzenie na temat prywatnego życia watykańskich dostojników.
– Gdyby Milone nie złożył rezygnacji, musiałby stanąć przed sądem – powiedział agencji Reutera abp Angelo Becciu, członek sekretariatu stanu. Z kolei cytowany przez Radio Watykańskie komendant Żandarmerii Watykańskiej oświadczył, że dowody w sprawie byłego audytora są niepodważalne.